PHP-CLI запускается несколько раз (дважды). Второй раз не считываются конфигурационные файлы из /etc/php.d.

Запускается дважды из-за того, что Composer обнаруживает подключенное расширение xdebug. Он копирует /etc/php.ini во временную папку /tmp и запускает себя повторно. Но повторно уже не считывает дополнительные конфигурационные файлы.

Как одно из решений не отключать xdebug. В этом случае composer хоть и работает медленней, но работает:

Жизнь непредсказуема порой. Файл urlrewrite.php рекомендуют исключать из версионного контроля. Но его можно легко потерять. Например, попытаться установить какой-нибудь «мегамодуль».

Поэтому нужно знать как восстанавливать urlrewrite.php. В административной панели Настройки продукта — Обработка адресов — Правила обработки — Пересоздание.

Похоже, что эта команда проходит по всем компонентам в публичке, у которых установлен параметр SEF_FOLDER, и добавляет соответствующие записи в urlrewrite.php.