Для того, чтобы выгружались только заказы, измененные после последнего обмена в компоненте sale.export.1c нужно добавить в районе строки 208, в условии:

следующие строки

Установка 1С:

или

Удаление 1С:

или

Узнать версию 1С:

Обновление 1С:

Отключить автозапуск сервера 1С:

Пример конфига веб-сервиса