Одновременную работу с разными версиями PHP можно обеспечить, установить два PHP-FPM сервиса. Первый (PHP 7) из родного репозитория, а второй (5.6) из репозитория Remi.

Подключаем репозиторий Remi:

Устанавливаем все необходимое для работы с PHP версии 5.6:

В конфиге PHP-FPM 5.6. комментируем обработчик для PHP-файлов. По умолчанию будет отрабатывать PHP-FPM 7 версии.

В настройках виртуального хоста нужного сайта добавляем обработчик PHP-FPM:

В модуле XDebug для 5.6 устанавливаем порт отличный от порта в 7-й версии, например, 9001